تضمین کیفیت به عنوان رکن اصلی مدیریت کیفیت، تمام مواردی که بر روی کیفیت یک محصول اثرگذار هستند را پوشش می دهد. در واقع این واحد بر فعالیت های آزمایشگاه ها و پیاده سازی شرایط خوب آزمایشگاهی (GLP) و پایش آن نظارت کرده و به کنترل و پایش سیستم مدیریت کیفیت می پردازد. علاوه بر این، به منظورحفظ کیفیت محصول، فرآیندی سیستماتیک برای شناسایی، ارزیابی و مدیریت ریسک های موجود را پایه ریزی نموده و در راستای برآوردن نیازها و الزامات، دائما آن را توسعه می دهد. واحد کنترل کیفیت نیز به منظور ایجاد اطمینان از کیفیت و کارایی محصولات در تمامی مراحل آماده سازی محصول قبل و بعد از عرضه به بازار ایجاد شده است. به این منظور، واحد کنترل کیفیت شرکت داروسازی نیاک از آزمایشگاه های گیاهی، آنالیز دستگاهی، کنترل فیزیکوشیمیایی، میکروبیولوژی و کنترل حین تولید تشکیل شده است. این آزمایشگاه قادر به انجام آزمون‌های فیزیکو شیمیایی و آزمون های میکروبی بر اساس دستورالعمل‌های معتبر برگرفته شده از جدید‌ترین مراجع معتبر دارویی شامل فارماکوپه‌های آمریکا، بریتانیا، اروپا، آلمان، فرانسه، فارماکوپه داروهای یونانی هند، فارماکوپه گیاهی ایران، استاندارد ملی ایران و در برخی موارد روش‌‌های In houseمعتبر‌ شده می‌‌باشد. این سیستم در حال حاضر از مجموعه ای 16 نفره از کارشناسان مجرب و آموزش دیده با تحصیلات دکترای داروسازی، دکترای فیتوشیمی، دکترای زیستشناسی گیاهی، فوق لیسانس و لیسانس شیمی و میکروبیولوژی استفاده می نماید.